بدأت مراسم دفن جثمان البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، بدير الأنبا بيشوي بصحراء وادي النطرون، بعد حدوث تدافع شديد بين المشيعين وقوات الأمن تسبب في تأخر دخول الجثمان لأكثر من ساعة. واستقبل رهبان دير الأنبا بيشوي بصحراء وادى النطرون جثمان البابا شنودة بالألحان والتراتيل الكنسية، ثم تم تلاوة الصلاة الربانية وبعض آيات الكتاب المقدس، والطواف بالجثمان حول مذبح الكنيسة الرئيسية بالدير، قبل مراسم الدفن. وأمام مدفن قداسة البابا ردد رهبان دير الأنبا بيشوي، ورهبان الأديرة الأخرى، الذين يمثلون جميع الأديرة القبطية بمصر، الصلوات على ألحان أسبوع الآلام التي تقال في الدفن يوم الجمعة العظيم حتي يرقد الجثمان بالمقبرة «الطافوس».
والمقبرة تقع فى الجهة المقابلة للكنيسة الأثرية داخل الدير، وقباب المقبرة مزينة بالرسوم القبطية، ويحيط المقبرة مجموعة من النخيل وأشجار الزينة، مثل الفيكس تاكندا والفيكس نتدا، والجهنمية كما يوجد بالقرب من المقبرة أقدم بئر مياه، وتسمى بدير الشهداء. وتم دفن البابا داخل المقبرة مرتديًا كامل ملابسه الكهنوتية البيضاء والموشاة بالصلبان، ولابسًا صليب، وفى يده عصا الرعية، بالإضافة إلى أيقونة لعزاء مريم.
واحتشد الآلاف على أسوار الدير أنبا بيشوي والدير المقارب له دير السريان، وفوق الأشجار، رافعين صور قداسة البابا، وحاملين الكاميرات في محاولة لالتقاط الصورة الأخيرة للجثمان، وسط دقات لأجراس الدير تعبر عن الحزن. ويعتبر دير الأنبا بيشوي هو المكان المفضل للبابا شنودة، ففي هذا الدير تم إخباره بنبأ انتخابه بطريرك للكنيسة القبطية فى نوفمبر 1971، وفيه أيضًا قضى أكثر من سنتين رهنا للإقامة الجبرية بعد قيام الرئيس أنور السادات بالتحفظ عليه وتحديد إقامته به على خلفية أحداث الفتنة الطائفية بالزاوية الحمراء. وكان البابا شنودة يقيم ثلاثة أيام فى الأسبوع بهذا الدير طوال السنوات الماضية حتى وفاته
