تولى الأنبا باخوميوس، مطران الإسكندرية والبحيرة ومطروح وشمال أفريقيا، قيادة الكنيسة الأرثوذكسية بشكل مؤقت، اعتباراً من مساء السبت ، لحين انتخاب خليفة البابا شنودة الثالث.
وجاء القرار بعد اعتذار الأنبا ميخائيل، مطران أسيوط، أقدم الأساقفة رسامة، لأسباب صحية، تنفيذاً للمادة الأولى من لائحة انتخاب البطريرك لعام 1957، التى تنص على «اختيار أحد المطارنة قائمقام البطريرك»، عند خلو منصبه، وأن «يصدر أمر جمهورى بتعيين القائمقام البطريرك ليتولى شؤون البطريركية الجارية بحسب القوانين والتقاليد الكنسية وطبقاً للوائح المعمول بها، وذلك إلى أن يتم تعيين البطريرك».
ولد الأنبا باخوميوس، ثانى أقدم المطارنة رسامة، فى شبين الكوم فى 17/12/1935م، وحصل على بكالوريوس التجارة من جامعة عين شمس عام 1956، وخدم فى مدارس الأحد بالزقازيق والجيزة وشبرا ودمياط، وعُين سكرتيراً للجنة العامة لمدارس الأحد، ومشرفاً على بيت الشمامسة بالجيزة.
وتلقى الأنبا باخوميوس دراسات بالكلية الإكليريكية منذ عام 1959 وحتى 1961، وبعد تخرجه فى الكلية الإكليريكية خدم كشماس مكرس بالكويت عام 1961 مع القمص أنجيلوس المحرقى ودخل سلك الرهبنة عام 1962 بدير السريان بوادى النطرون، وتمت سيامته قساً عام 1966 باسم القس أنطونيوس ثم قمصاً فى 28/7/1968.
أشرف باخوميوس على المركز البابوى للكرازة لإعداد الخدام الأفريقيين 1966، وخدم بالسودان من سنة 1967 إلى مايو 1971، حيث قام بتعميد الكثير من الوثنيين بجبال النوبة، ولنشاطه الأفريقى قام البابا كيرلس السادس بإرساله إلى إثيوبيا عام 1971، كما أسس فى العام نفسه الكنيسة القبطية فى لندن، واختير عضواً فى مجلس الكنائس العالمى، ومجلس كنائس الشرق الأوسط، ومجلس كنائس أفريقيا.
تمت سيامته أسقفاً فى 12/12/1971، وترقيته لدرجة مطران فى 2/9/1990 للبحيرة والمدن الغربية، وعُرف عنه حرصه على إقامة حفل إفطار الوحدة الوطنية سنوياً، وحتى بعد أن ألغى البابا الموائد فى أحد الأعوام لانتشار أنفلونزا الخنازير، أصر باخوميوس عليها وأقام حفل إفطار فى كنيسة الشهيدين بمطروح.
