أصابت وفاة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريريك الكرازة المرقسية، الشعب المصري بجميع أطيافه بحالة من الحزن الشديد، وشهدت شبكات التواصل الاجتماعي، الكثير من التعليقات والتعازي من مرشحي الرئاسة، والمثقفين، ورؤساء الأحزاب، ونواب مجلسي الشعب والشوري، والشخصيات العامة.
قال الدكتور محمد مرسي، رئيس حزب الحرية والعدالة، «أتقدم بخالص التعازي لإخواني وأخواتي أقباط مصر في وفاة البابا شنودة الثالث»، وقال الدكتور عمرو خالد «نقدم خالص تعازينا لإخواننا الأقباط في مصر بصفة عامة، ولإخواننا الأقباط في صناع الحياة في وفاة البابا شنودة الثالث»، وعلق الدكتورعمرو حمزاوي، عضو مجلس الشعب، قائلا:«حزين للغاية على وفاة البابا شنودة، أتقدم بالتعزية للمصريات المسيحيات وللمصريين المسيحيين ولمصر كلها، البقاء لله»، وقال أحمد شفيق، المرشح المحتمل لرئاسة الجمهورية «فقدنا قيمة كبيرة وحبرًا جليلاً وشخصية وطنية حظيت بتقدير كل المصريين مسلمين وأقباطًا، واحترام المجتمع الدولي والشخصيات العالمية».
وعلق عمرو موسي المرشح المحتمل لرئاسة الجمهورية، قائلاً: «أنعي فيه وطنيته وإخلاصه لمصر، وفهمه العميق لطبيعة العلاقات داخل المجتمع المصري، ولقد فقدنا برحيله شخصية من الشخصيات التاريخية، ذات الأثروالتأثير»، وقال حمدين صباحي المرشح المحتمل لرئاسة الجمهورية «نعزي أنفسنا والشعب المصري في وفاة رأس الكنيسة الأرثوذوكسية، ورمز من رموز الوطنية المصرية فقيد الوطن البابا شنودة ».
وقال الدكتور محمد البرادعي المدير السابق لوكالة الطاقة الذرية، علي حسابه في موقع تويتر: «أقدم خالص التعازي لأقباط مصر جميعًا، في وفاة البابا شنودة الثالث، كما أعزي الشعب المصري كله، في وفاة هذه الشخصية الوطنية الفريدة»، وقال الناشط السياسي وائل غنيم: «نعزي إخواننا وأخواتنا فى الوطن من أقباط مصر لوفاة البابا شنودة الثالث».
وقال الدكتور محمد بديع، المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، في بيان أصدرته الجماعة: «باسمي وباسم الإخوان المسلمين نتقدم إلى إخواننا في الوطن والإنسانية أقباط مصر فردًا فردًا بأخلص التعازي القلبية والمشاركة الوجدانية في مصابهم الأليم ومصاب الوطن بفقدان البابا شنودة الثالث باب الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وأن يمكنهم من تجاوز هذه المحنة الشديدة، وأن يعوضهم بعده بمن يصلح ويرفع شأن الوطن ويقوي اللحمة بين جميع أبنائه.. وختامًا أسأل الله أن يحسن لكم العزاء».