شهدت لجان الانتخابات فى عدد من المحافظات العديد من التجاوزات والمخالفات أثناء إغلاق اللجان ونقل الصناديق وفرز الأصوات، وصلت إلى حد الاشتباك بين أنصار المرشحين وإصابة عدد منهم ومنع عدد من القضاة من مباشرة أعمال الفرز. فى المنوفية، شهدت لجنة الفرز بالاستاد الرياضى بمدينة الباجور حالة من الفوضى بسبب تكدس مئات السيارات المحملة بصناديق الانتخاب وسيارات المرشحين ومندوبيهم ووكلائهم، مما أدى إلى تجمهر المئات للمطالبة بدخول اللجان، ما أدى إلى حدوث اشتباكات بينهم وبين قوات الجيش والشرطة، وانتقل المحافظ المستشار أشرف هلال إلى مقر اللجنة وفوجئ بأحد أفراد الشرطة العسكرية المكلفين بحراسة بوابة الاستاد الرياضى يمنعه من الدخول، تنفيذا للأوامر التى تلقاها، ثم تم السماح له بعد تلقيه إشارة لاسلكية. ونشبت مشادات بين عدد من القضاة وأفراد من قوات الأمن المركزى إثر انتظارهم نحو3 ساعات أمام لجنة الفرز بمدرسة الثانوية بنات بمنوف لمزاولة مهام الفرز، مما دفع أحد القضاة للقول لأحد جنود الأمن المركزى «أكتب لك على قورتى رئيس محكمة». وفى الشرقية، شهدت لجنة الفرز بالدائرة الثالثة مظاهرات من السلفيين الذين رددوا هتافات منددة بتجاوزات وصفوها بالتزوير وتجمهر العشرات منهم أمام اللجنة، رافضين الانصراف حتى يسمح لهم بدخول لجنة الفرز وتدخل الجيش وحاصر المتظاهرين وأعلن حالة الاستنفار، حتى انصرف المتظاهرون.
وفى لجنة الفرز بالدائرة الرابعة ومقرها فاقوس، افترش بعض القضاة الأرض أثناء الفرز لعدم توفر أماكن. وتبادل الإخوان والسلفيون الاتهامات حتى داخل لجنة الفرز فى الدائرة الثالثة حيث اتهم أنصارالحرية والعدالة حزب النور باستدعاء مناصريهم من الإسكندرية لمساعدتهم إضافة إلى أنهم وصفوا مرشح حزب النور بأنه من أعضاء الوطنى المنحل. وعثر محمد فياض، مرشح حزب الحرية والعدالة على المقعد الفردى فى الدائرة الثالثة، ومقرها أبوكبير على بطاقات انتخابية ممزقة ملقاة على الأرض. فى لجنة الفرز بمقر الدائرة، التى تحمل تصويتاً لصالحه هو ومرشح الحرية والعدالة إبراهيم سليم على مقعد العمال.
وألقت القوات المسلحة القبض على المهندس ياسر صيام، المرشح المستقل بمركز الإبراهيمية، بعد قيامه مع مجموعة من البلطجية بمحاولة اقتحام مدرسة القطاوية الإعدادية التابعة لمركز أبوحماد والتعدى على ضباط الجيش. وتم التحفظ عليه داخل مركز شرطة أبوحماد. كما تقدمت السيدة أم محمد وهبة 62 سنة بمذكرة لمباحث مركز الزقازيق تتهم فيها رئيس اللجنة 61 بمدرسة ميت بيعة الإعدادية التابعة لمركز الزقازيق بالتزوير أمام اسمها فى كشوف الناخبين وحرمانها من الإدلاء بصوتها.
كما تم إغلاق لجنتى الوحدة المحلية بكفور نجم التابعة لمركز ههيا بعد قيام أحد المرشحين بسب أحد ضباط الجيش وتم القبض على المرشح واحتجازه داخل اللجنة وتحرير محضر ضده، كما تقدم أمير بسام، مرشح الإخوان المسلمين بدائرة مركز بلبيس، بمحضر إثبات حالة للجنتى 312، 313 بقرية شبرا النخلة التابعة لمركز مشتول السوق بعد اكتشافه استخدام أنصار السلفيين البطاقة الدوارة فيهما. وتقدم يسرى البطريق، المرشح المستقل بمركز بلبيس، ببلاغ ضد رؤساء اللجان 306، 307، 170، 174، اتهمهم فيها بتسويد بطاقات اقتراع لصالح حزب الحرية والعدالة.
وفى البحيرة، شهدت لجان الفرز تزاحماً شديداً عند دخول الصناديق وحدثت مناوشات بين القوات القائمة بتأمين المقار ومندوبى الفرز والمرشحين وكذلك مع عدد من القضاة بسبب التدافع الشديد، خاصة أنه كانت توجه تعليمات من اللجنة العليا للانتخابات بدخول موظف واحد مع كل صندوق وهو ما لم يلتزم به رؤساء اللجان، الذين اصطحبوا جميع الموظفين العاملين باللجان.
وفى كفر الدوار، رفض 3 من القضاة القيام بعملية الفرز بسبب المشادات مع رجال الجيش ولكن تم احتواء المشكلة وباشروا عملهم، وشهدت لجان الفرز بدمنهور حالة من عدم التنظيم لضيق المساحة وعدم توافر أماكن كافية لقيام رؤساء اللجان بأعمال الفرز وهو ما أدى إلى تأخر عمليات الفرز كما حدثت مشكلة فى اللجنتين 184، 185 فى مدرسة الحديثة الإعدادية، حيث وجد القاضى أوراقاً زائدة داخل الصندوق الخاص بالانتخابات الفردية وهو ما استلزم إعادة فرز اللجنة مرتين وتقدم 9 مرشحين بطعون لإلغاء هذه اللجان.
وفى السويس، شهدت الساعات الاخيرة لغلق باب التصويت بعض المشادات أمام مقر مدرسة تل قلزم السيدات بسبب توقف أعمال التصويت فى لجنتى 59 و60 لاعتراض من جانب بعض المرشحين لوجود تجاوزات داخل اللجنة. وتم إعادة فتح اللجنة بعد تزاحم المئات من الناخبات أمام اللجنة. ورصد تقرير صادر عن مؤسسة عالم واحد أن هناك تصويتاً جماعياً وقع فى لجنة مدرسة شادية سلامة الإبتدائية بحى الأربعين ومنشية الرجال بالجناين ودعاية انتخابية عن طريق سيارة لمرشح يدعى جمال عبدالباسط أمام مدرسة كبريت الابتدائية بحى الجناين.
وفى بنى سويف، منع أفراد من الجيش المرافقين للصناديق من الدخول، مستخدمين الهراوات والعصى الكهربائية لإبعاد مندوبى المرشحين الذين أصروا على اصطحاب الصناديق إلى داخل لجان الفرز وأثناء دخول الصناديق، ما تسبب فى إصابة أحمد وجدى منسق لجان فرز الأصوات بكسر فى الذراع وتم نقله إلى مستشفى بنى سويف العام، وتم منع طارق الملط المتحدث الرسمى للوسط ومرشح قائمة الحزب من الدخول للجان الفرز ووقعت مشادات عنيفة بينه وبين القوات أمام لجان الفرز وتم منع مندوبى وسائل الإعلام والقنوات التليفزيونية من الدخول حتى من يحملون تصاريح من اللجنة العليا للانتخابات وتم احتجاز عدد من القضاة والهيئات القضائية خارج مقار لجنة الفرز، التى لم يتمكنوا من الدخول إليها إلا بعد ساعة ولم يباشروا أعمالهم إلا بعد أن اعتذر لهم رئيس لجان الفرز وقائد القوات العسكرية.
وفى الإسماعيلية، اعترضت الدكتورة عايدة الكيلانى المرشحة فئات على قائمة حزب الوعى على فرز 10 صناديق داخل لجنة الفرز الرئيسية بالمجمع التعليمى دون وجود قاض، واعترضت بصوت مرتفع غاضبة وقالت إنها سوف تتقدم بشكوى لرئيس اللجنة العامة للانتخابات المتواجد داخل اللجان.
ووقعت مشادة وصلت إلى حد الاشتباك بين مرشحى قائمة ائتلاف الثورة وقائمة الوعى عايدة الكيلانى وإبراهيم نجم مع أمين اللجنة العامة للانتخابات بالمحافظة بمقر لجنة الفرز الرئيسية بالمجمع التعليمى بعد إصرار أمين اللجنة على الحصول على بطاقتى انتخاب، حصل عليهما المرشحان مختومتين وملقى بهما على الأرض لصالح حزب النور وقاما بتحرير محضر إثبات حالة ورفضا قيام أمين اللجنة بمحاولة الحصول عليهما بالقوة ووقع اشتباك تدخل فيه عدد من الحقوقيين ومندوبى الوعى وحدث حالة من الفوضى داخل لجنة الفرز مما اضطر رئيس اللجنة لطلب الشرطة العسكرية وتهديده بحبس أى متجاوز.