أكثر من أزمة تواجهها أسرة الدكتور عمر عبدالرحمن فى اعتصامها أمام السفارة الأمريكية للمطالبة بالإفراج عنه بعد سجنه 12 عاماً فى أمريكا، أولى هذه الأزمات هى تخلى أبناء وتلاميذ الشيخ فى الجماعة الإسلامية عنه ورفضهم المشاركة فى الاعتصام، فلم يزد عدد المعتصمين أمام السفارة على 50 أغلبهم من أبنائه وأسرته.
ثانية هذه الأزمات هى ضياع ملفه الذى أعدته وزارة الخارجية لمطالبة الإدارة الأمريكية بسرعة الإفراج عنه، ورغم مطالبة المجلس العسكرى للخارجية برقم 24489/10، بسرعة إرسال الملف، فإن الخارجية أعلنت عدم وصول هذا الملف إليها، وذلك حسب تأكيد محمد نجل عبدالرحمن، والشهير بـ«أسد»، حيث وصف ضياع ملف والده ما بين المجلس العسكرى ووزارة الخارجية بأنه فصل جديد من المعاناة التى لا تنم عن إرادة حقيقية وقوية من قبل الدولة لسرعة الإفراج عنه، وأضاف: «الجماعة الإسلامية لم تشارك فى الاعتصام رغم أن والدى كان أحد القلائل الذين كانوا يدافعون عن قياداتها الموجودين حالياً وقتما كانوا فى السجن وكان هو حراً طليقاً فى أمريكا».
