قال شهود عيان إن جثثا وأشلاء تم نقلها من مكان الانفجار إلى داخل الكنيسة بعد الاشتباكات بين الشرطة وبعض المسيحيين، موضحين أن الجثث والأشلاء كانت مغطاة بسجاجيد وورق صحف، وأن مئات المسيحيين تجمعوا أمام الكنيسة بعد الانفجار وأن بعضهم رشقوا مسجدا مواجها لها بالحجارة مما أدى إلى تهشم زجاج واجهته، وأن أجهزة الأمن أطلقت قنابل الغاز المسيل للدموع على المتجمعين أمام الكنيسة، مما أدى لابتعادهم عن المكان، لكنهم سرعان ما تجمعوا من جديد، مشيرين إلى أن الشرطة لجأت إلى قطع التيار الكهربائى عن المسجد لمنع شبان مسلمين من استخدام مكبر الصوت الخاص به فى ترديد شعارات إسلامية، فيما ردد المسيحيون الذين تجمعوا أمام الكنيسة عدة هتافات منها «بالروح بالدم نفديك يا صليب».
وأضاف الشهود أن بعض المسيحيين رشقوا قوات الشرطة بعد وقوع الانفجار بساعات بزجاجات حارقة فى حين أطلقت عليهم قوات الشرطة قنابل الغاز المسيل للدموع، وأنهم حاولوا منع اللواء محمد إبراهيم، مدير الأمن، من دخول الكنيسة فى وقت سابق، وأن قوات الشرطة سيطرت على المكان، لكن شبانا واصلوا إلقاء زجاجات فارغة وحجارة من أعلى الكنيسة على قوات الشرطة، مشيرين إلى أنهم شاهدوا المتهم يترك السيارة أمام البوابة الرئيسية للكنيسة وبعد أن اختفى من المنطقة وقع الانفجار الذى أصاب جميع الحضور بالرعب والفزع، لأن الجثث تطايرت فى الهواء من شدة الانفجار، وأن بعض الأشلاء تعلقت بالسور الحديدى للكنيسة وفروع الأشجار المتواجدة بالمكان، وأن كميات من الدماء لطخت واجهة الكنيسة.
وأشار الشهود إلى أن المحتجين أشعلوا النيران فى المسجد عقب إلقائهم عدداً من الزجاجات الحارقة على الواجهة وكسروا النوافذ والباب الرئيسى، كما ألقوا الحجارة على جنود الأمن المركزى وهاجموا سيارات الشرطة والعربات المصفحة واستخدموا الشوم والعصى فى تحطيم أكثر من 10 سيارات وعدد من المحال تعبيرا عن غضبهم، كما أشعلوا النيران فى سيارتين، ورفعوا صليباً مصنوعاً من الخشب.
وتابع الشهود أن الأحداث استمرت أكثر من ساعة رددوا خلالها عدة هتافات، منها «نموت نموت ويحيا الصليب» كما منعوا القيادات الأمنية والطبية من دخول الكنيسة حتى لا يروا المصابين والجثث، وردت قوات الأمن بالقنابل المسيلة للدموع والرصاص المطاطى لتفريق المتظاهرين، مما أصاب أكثر من 5 أشخاص بإصابات واختناقات، لافتين إلى أن بعض العقلاء من المسيحيين تدخلوا لتهدئة الأمر وأقنعوا الغاضبين بالهدوء وضبط النفس ودخول الكنيسة لمنع وقوع اشتباكات مع المسلمين. وأضاف الشهود أن أحد المسلمين دخل المسجد المواجه للكنيسة وردد بعض الهتافات المعادية للدين المسيحى مما دفع قوات الأمن إلى قطع التيار الكهربائى عن المسجد.
وانفعل بعض المسيحيين الغاضبين فى وجه القيادات الأمنية وصرخ أحدهم فى وجه اللواء محمد إبراهيم، مدير الأمن، قائلا: «فين الأمن والتأمين اللى المفروض يكون موجود أمام كل كنيسة؟!».. وظل الأقباط المتواجدون داخل الكنيسة يرفضون دخول رجال الأمن لمعاينة الجثث إلا أنه تم السماح لفريق النيابة الذى حضر للمعاينة وبعدها بساعة تدخل بعض العقلاء من الكنيسة والأنبا باقوميوس، أسقف البحيرة، وتم السماح لرجال الإسعاف بالدخول لنقل الجثث إلى المشرحة، وقاموا بنقل الجثث بأنفسهم حتى سيارات الإسعاف وهم يرددون بعض الترانيم والشعارات.
وقال عيد عبدالظاهر، موظف يسكن فى العمارة المقابلة للكنيسة: «كنت أقف فى شرفة المنزل عندما كان هناك عدد ليس بالقليل من الشباب الذين خرجوا من الكنيسة بصحبة أسرهم يحتفلون بأول دقائق السنة الجديدة، وأطلق بعضهم صواريخ نارية وألعاباً، احتفالا بالمناسبة، وبعد دقائق جاءت سيارة ماركة سكودا لونها أخضر وبداخلها شخصان وتوقفت أمام بوابة الكنيسة، حيث كانت هناك سيارة أخرى تقف فى نفس المكان وعندما شاهد سائقها السيارة الخضراء رقم «س ى ج 5149» تحرك من المكان وترك موقعه للسيارة الخضراء، ولم ينظر أحد إلى هذا المشهد إلا بعد أن وقع انفجار شديد من أحد الأشخاص الذين تواجدوا داخل السيارة.
وأضاف عبدالظاهر: الأشخاص الذين كانوا داخل السيارة نزلوا منها قبل لحظات من الانفجار وبعدها وقع الحادث، ولا يعرف ما إذا كانت المتفجرات داخل السيارة أم أن أحدهما تركها فى حقيبة إلى جوار السيارة.
وقال شاهد آخر إن أحد الشخصين اللذين كانا يستقلان السيارة كان يرتدى حزاماً ناسفاً وفجره أثناء خروج المسيحيين من الكنيسة. وأكدت المعاينة الأولية لأعضاء النيابة أن الانفجار وقع خارج السيارة نظرا لوجود هيكل السيارة بأكمله سليما رغم احتراقها.
وقال إسلام لاشين، صاحب معرض سيارات، إنه سمع صوت انفجار شديد اهتزت له المنطقة بالكامل تبعه صراخ وعويل فتوجه إلى شرفة المنزل فوجد 3 سيارات محترقة وتخرج منها ألسنة لهب امتدت للطوابق العليا سواء فى الكنيسة أو المنازل المجاورة، وحولها عشرات الجثث والأشلاء التى تناثرت فى أرجاء المكان، مشيراً إلى أن الانفجار وقع أثناء مغادرة عدد كبير من المسيحيين الكنيسة بعد الاحتفال داخلها برأس السنة الميلادية، وأنه شاهد تجمعاً آخر أمام إحدى السيارات ماركة «دايو» خضراء اللون، مؤكداً أنها السيارة التى انفجرت أولا ثم تبعها اشتعال السيارتين الآخريين.
وقال سعد عثمان، شاهد عيان، إن 3 أشخاص فروا من أمام السيارة بطريقة لافتة للنظر قبل الانفجار بدقائق معدودة.