أكدت وزارة الأوقاف عدم مسؤوليتها مطلقا، من قريب أو بعيد، عن سرقة «منبر مسجد قايتباى»، مؤكدة أن المجلس الأعلى للآثار تسلم مفاتيح المسجد لترميمه منذ عام 1993 حتى الآن. وأصدر الدكتور محمود حمدى زقزوق، وزير الأوقاف، بيانا رسميا الاثنين للرد على التصريحات الأخيرة للدكتور زاهى حواس، الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار، جاء فيه: «لقد نشرت بعض الصحف تصريحاً منسوباً للدكتور زاهى حواس، الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار، يفيد بأن وزارة الأوقاف مسؤولة عن سرقة منبر مسجد قايتباى الرماح، وتؤكد الوزارة أن المسجد المذكور مغلق بمعرفة الآثار منذ عام 1993 وقامت الآثار بوضع شدادات خشبية بصحن المسجد وجميع ملحقات المسجد للترميم».
وأضاف البيان: «وقد قامت الآثار بأخذ مفاتيح المسجد خوفاً على عهدة الآثار من الضياع وهى التى تقوم بفتح المسجد وغلقه للترميم، والمفاتيح بحوزة مشرف الآثار المسؤول عن المسجد». أكد البيان أن مسجد قايتباى لم تقم به الشعائر الدينية منذ أن تم غلقه بمعرفة الآثار، ومنبر المسجد كان بمخازن السلطان حسن التابع للآثار وهى التى تقوم بفتح وغلق هذا المخزن، مع العلم بأن الوزارة تشرف فقط على صحن مسجد السلطان حسن.