تحولت منطقة التجمع الأول فى القاهرة الجديدة إلى ثكنة عسكرية فى أولى جلسات المحاكمة، واحتشدت أكثر من 50 دبابة فى جميع أنحاء أكاديمية الشرطة الممتدة على مساحة 800 فدان، بينما احتشدت أكثر من 100 سيارة أمن مركزى و60 سيارة مصفحة وأكثر من 200 سيارة شرطة بين ميكروباص، و«بوكس»، وملاكى، وفرضت القوات المسلحة سيطرتها على مقر الأكاديمية والبوابة رقم 8 المصرح بدخول أسر الشهداء والمدعين بالحق المدنى والمحامين منها، واصطفت سيارات الدفاع المدنى والإسعاف فى جميع أنحاء الأكاديمية، ووضعت أجهزة الأمن حواجز حديدية ممتدة من الباب الرئيسى للأكاديمية وحتى البوابة رقم 8، ووضعت خطة مرورية متكاملة بدأت باصطحاب المتهمين المحبوسين فى سجن مرزعة طرة، وحتى إيداعهم القاعة رقم 1 المخصصة للمحاكمة.
وانتظم أكثر من 10 آلاف ضابط ومجند فى خدماتهم منذ الرابعة فجر الاربعاء، داخل مقر الأكاديمية، وتمركزت 3 تشكيلات من قوات فض الشغب خلف البوابة رقم 8، وتدخلت هذه القوات عندما وقعت اشتباكات بين مؤيدى ومعارضى مبارك، والتى أسفرت عن إصابة أكثر من 50 شخصاً بجروح وكدمات، فيما احتشد أكثر من 15 تشكيل من قوات الأمن المركزى خارج الأكاديمية ناحية البوابة رقم 8، و6 سيارات إسعاف و3 سيارات عيادات متنقلة، بينما تولت تأمين البوابة 4 دبابات وسيارتا شرطة عسكرية، وعدد من رجال القوات المسلحة وضباط الشرطة، واحتشد أكثر من 12 تشكيلاً أمام البوابة الرئيسية التى دخل منها المتهمون، ورئيس المحكمة، وكانت مهمة هذه التشكيلات تأمين دخول المتهمين إلى القاعة، بينما فرضت قوات الأمن سياجاً أمنياً أمام البوابة الرئيسية وقامت بمد أسلاك شائكة أعلى سور الأكاديمية.
بدأت الخطة الأمنية، التى أشرف عليها اللواءان أحمد جمال، مساعد وزير الداخلية لقطاع الأمن العام، ومحسن مراد، مساعد وزير الداخلية لأمن القاهرة، منذ الثالثة فجر الاربعاء، حيث اصطحبت قوات الشرطة العسكرية 6 سيارات مصفحة، و4 دبابات لاصطحاب المتهمين حبيب العادلى ومساعديه اللواءات إسماعيل الشاعر، وحسن عبدالرحمن، وأحمد رمزى، وعدلى فايد، ونجلى الرئيس السابق علاء وجمال، وتم اصطحابهم عقب صلاة الفجر من العنابر المودعين بها داخل سجن المرزعة، وسط حراسة مشددة وبالتنسيق مع رجال الأمن المركزى والإدارة العامة للمرور والأكمنة الأمنية المنتشرة على طريق الأوتوستراد وحتى الطريق الدائرى حيث مقر الأكاديمية، حيث اصطحبت دبابة نجلى الرئيس السابق، بينما اصطحبت سيارة مصفحة باقى المتهمين، وكلفت الخطة تشكيلين من الأمن المركزى وسيارة مصفحة بإحضار اللواءين أسامة المراسى، وعمر الفرماوى، المتهمين المخلى سبيلهما، إلى مقر المحكمة، وتم اصطحابهم جميعا وسط حراسة مشددة وتم إيداعهم داخل مقر الأكاديمية فى السابعة إلا ربع صباحا.
وفى التوقيت نفسه كانت أجهزة الأمن فى جنوب سيناء قد رفعت حالة الطوارئ القصوى فى مستشفى شرم الشيخ الدولى، ومديرية الأمن، واصطحب اللواء محمد نجيب، مدير أمن جنوب سيناء، الرئيس السابق من الطابق الثالث فى المستشفى إلى الطابق الأرضى فى الرابعة والنصف فجرا، وكان بالتنسيق مع وزارة الصحة جهز سيارة إسعاف متكاملة بفريق طبى تولت نقل مبارك إلى مطار شرم الشيخ الدولى الذى يبعد عن المستشفى مسافة 10 كيلومترات، وفى المطار تم تسليمه إلى رجال القوات المسلحة الذين كانوا ينتظرون بطائرة نقل جنود مجهزة بسرير طبى، وأقلعت الطائرة فى السابعة إلا ربع صباحا، ووصلت بعد 45 دقيقة إلى مطار ألماظة حيث كانت هناك طائرة هليكوبتر فى انتظاره لنقله إلى مقر الأكاديمية، وبعد 10 دقائق كانت الطائرة على المهبط الخاص بأكاديمية الشرطة، وهناك اصطحبته سيارة إسعاف لمسافة 350 متراً، ودخلت من الباب الخلفى للقاعة، ومنه إلى قفص الاتهام مباشرة حيث استقر مبارك فى المكان المحدد للسرير الطبى، وظل داخل القفص منذ العاشرة صباحا وحتى انتهاء الجلسة، ووضعت أجهزة الأمن عدداً من رجال الحراسة داخل القفص لتأمين مبارك ونجليه، بينما خصصت المقعد الأول لحبيب العادلى منفردا، يليه مساعدوه الأربعة المحبوسين وهم: عبدالرحمن، والشاعر، وفايد، ورمزى، فيما جلس فى الصفوف الأخيرة عمر الفرماوى، وأسامة المراسى، فيما ظل علاء وجمال واقفين طوال الجلسة.